1. 후천성면역결핍증(AIDS) 환자에서의 뉴우모시스티스 카리니 감염의 1차 치료
2. 후천성면역결핍증환자 이외의 뉴우모시스티스 카리니 감염의 2차 치료
3. 리슈마니아증(장기와 피부)의 2차 치료(리슈마니아 에치오피카에는 1차 치료제로 사용할 수 있음)
4. 트리파노소마병의 2차 치료(트리파노소마 로데시엔스 균주 제외)

1. 뉴우모시스티스 카리니 폐렴 : 펜타미딘이세치오네이트로서 체중 Kg 당 4mg을 1일 1회 14일 동안 느리게 점적 정맥주사 한다.
2. 리슈마니아증 : 현재까지의 정보에 의해 다음의 용량이 권장되나 최적의 투여지침은 아직 확립되어 있지 않다.
 신장애가 있는(크레아티닌청소율이 10mL/min이하) 뉴우모시스티스 카리니폐렴 환자의 투여량은 다음과 같다.
 - 중증인 경우 : 체중 Kg당 4mg을 1일 1회 7～10일간 투여 후 이틀에 한번 체중 Kg당 4mg을 적어도 14회 이상 투여한다.
 - 경증 또는 중등도인 경우 : 체중 Kg당 4mg을 이틀에 한번 적어도 14회 이상 투여한다.
 - 장기(내장리슈마니아증) : 체중 Kg당 3～4mg을 이틀에 한번 최대 10회 투여한다. 약물 반응에 따라 반복치료가 필요할 수 있다.
 - 피부 : 체중 Kg당 3～4mg을 주 1～2회, 증상이 회복될 때까지 주사한다.
3. 트리파노소마병(헤모림피트 단계) : 체중 Kg당 4mg을 1일 1회 또는 이틀에 한번 총 7～10회 투여한다.
 갑작스러운 저혈압 발생을 예방하기 위해 환자가 반듯이 누운 상태에서 천천히 점적 정맥주사한다.
 이 약을 함유한 희석용액은 최소한 60분에 걸쳐 주입해야 하며 치밀한 의료 감독 하에 투여해야 한다.
 Bolus주사나 급속히 투여하지 않는다.
<이 약의 조제법>
 바이알에 들어 있는 300mg의 내용량을 3～5mL의 주사용수에 용해한다. 그 다음 필요한 용량의 이 약을 50～250mL의 정맥 주입용 5% 포도당 주사액이나 0.9% 생리식염주사액에 희석한다. 용해된 용액은 사용 전에 육안으로 검사하며 흐리거나 변색된 것 또는 미립자 물질을 함유하는 용액은 사용할 수 없다.